Obecnie Akademia Ignatianum w Krakowie jest wyższą uczelnią kościelną z prawami państwowymi złożoną z dwóch Wydziałów: Filozoficznego i Pedagogicznego. W związku z dotacją jaką uczelnia otrzymuje z budżetu Państwa studia stacjonarne są studiami bezpłatnymi. Poza studiami licencjackimi i magisterskimi uczelnia prowadzi szereg studiów podyplomowych oraz Międzywydziałowe Studia Doktoranckie. W ramach akademii działają także Akademia Dziecięca Ignatianum oraz Uniwersytet Trzeciego Wieku.
Krakowski ośrodek dydaktyczno-naukowy księży jezuitów prowadzi działalność od końca XIX wieku. Prawa kościelne oraz prawo udzielania akademickiego stopnia licencjata filozofii Wydział Filozoficzny otrzymał na podstawie pisma Kongregacji do Spraw Seminariów i Uniwersytetów, skierowanego do Generała Zakonu Towarzystwa Jezusowego w dniu 8 września 1932 roku (''Acta Romana Societatis Iesu'', t. VII (1932), s. 62-64). Gdy ta sama Kongregacja uznała i zatwierdziła Statuty Wydziałów Teologii i Filozofii, erygowanych w kolegiach Towarzystwa Jezusowego, jako zgodne z Konstytucją Apostolską Deus scientiarum Dominus z dołączonymi do niej Ordinationes, Krakowski Wydział Filozoficzny Towarzystwa Jezusowego dekretem tejże Kongregacji z dnia 2 lutego 1934 r. uzyskał ostatecznie osobowość prawną (Tamże, s. 607.).
Kongregacja ds. Wychowania Katolickiego pismem z dnia 25 lutego 1973 r. (N. 924/71/12) uznała i zatwierdziła na okres próbny nowy Statut Wydziału, zredagowany zgodnie z dokumentem Normae quaedam, wraz z prawem nadawania wszystkich stopni akademickich w zakresie filozofii (art. 29).
Po opublikowaniu w 1979 r. Konstytucji Apostolskiej Sapientia Christiana opracowano nowy statut, zatwierdzony przez Kongregację do Spraw Wychowania Katolickiego najpierw na okres próbny (w 1984 r.), a definitywnie w 1990 r.
Wydział Filozoficzny Towarzystwa Jezusowego został w dniu 17 maja 1989 r. oficjalnie uznany przez polskie władze państwowe za osobę prawną i odtąd podlegał przepisom Umowy zawartej dnia 30 czerwca 1989 r. pomiędzy Rządem Polskim a Konferencją Episkopatu Polski w sprawie uregulowania statusu wyższych uczelni papieskich oraz trybu i zakresu uznawania przez państwo stopni i tytułów naukowych nadawanych przez te uczelnie (''Monitor Polski'', Dz. U. PRL, Warszawa, 15 lipca 1989, nr 22, poz. 174.). Zainspirowani Konstytucją Apostolską Sapientia Christiana o uniwersytetach i wydziałach kościelnych (art. 3, § 1 i 2; art. 84, pkt c, d) oraz pragnąc wyjść naprzeciw zapotrzebowaniu społeczeństwa polskiego, jezuici zainaugurowali w Wydziale Filozoficznym Towarzystwa Jezusowego w Krakowie, w październiku 1989 roku, Instytut Kultury Religijnej - dwuletnie studium filozoficzno-teologiczne, którego głównym celem było pogłębienie formacji religijnej przede wszystkim laikatu. W roku akademickim 1990/91 zainaugurowano w Wydziale Filozoficznym pedagogiczne studia stacjonarne. W roku akademickim 1993/94 otwarto także studia niestacjonarne. Zważywszy, że rok 1990 - 1991 był rokiem wielkiego jubileuszu ignacjańskiego: 500 lat od urodzin św. Ignacego Loyoli (1491-1991) i 450 lat istnienia Zakonu (1540-1990) - zaczęto uczelnię nazywać ''Ignatianum''.
W ciągu prawie 10 lat Wydział poszerzył swoją działalność do tego stopnia, że dotychczasowy Statut, a także nazwa uczelni przestały odpowiadać stanowi faktycznemu. Dlatego konieczne było dokonanie zmian. Jako pierwszy krok w tym kierunku, w związku z przygotowywaną Umową między Rządem Rzeczypospolitej Polskiej a Konferencją Episkopatu Polski w sprawie statusu prawnego szkół wyższych, zakładanych i prowadzonych przez Kościół Katolicki, Kongregacja ds. Wychowania Katolickiego pismem z dnia 7 czerwca 1999 r. (Prot. N. 400/99) zaaprobowała zmianę nazwy Wydziału Filozoficznego Towarzystwa Jezusowego w Krakowie na: ''Wyższa Szkoła Filozoficzno-Pedagogiczna "Ignatianum" w Krakowie''. Wspomniana Umowa podpisana 1 lipca 1999 r. przyjęła zmianę nazwy Uczelni i uznała osobowość prawną ''Ignatianum''.
Dnia 18 stycznia 2000 r. Minister Edukacji Narodowej stwierdził, że ''Ignatianum'' spełnia warunki do prowadzenia studiów magisterskich także na kierunku pedagogika.
Dnia 8 XII 2000 r. Kongregacja do Spraw Wychowania Katolickiego erygowała w ''Ignatianum'' Wydział Pedagogiczny oraz zatwierdziła nowy statut całej Uczelni. Dekret Kongregacji ds. Wychowania Katolickiego z dnia 3 maja 2010 uprawomocnił i zatwierdził nowy Statut Uczelni.
Decyzją z dnia 22 lutego 2010 r., Centralna Komisja do Spraw Stopni i Tytułów Naukowych, nadała uprawnienia Wydziałowi Pedagogicznemu "Ignatianum" w Krakowie do nadawania stopnia naukowego doktora nauk humanistycznych w dyscyplinie - pedagogika.
Wyższa Szkoła Filozoficzno-Pedagogiczna „Ignatianum” w Krakowie, wypełniając normy Ustawy z dnia 27 lipca 2005 r. Prawo o szkolnictwie wyższym (Dz. U. Nr. 164, poz. 1365, z późn. zm, art 3 ust. 5) spełniła warunek do posługiwania się nazwą – akademia. W związku z powyższym od 1 października 2011 r. Wyższa Szkoła Filozoficzno-Pedagogiczna „Ignatianum” w Krakowie posługuje się nazwą - Akademia Ignatianum w Krakowie
Decyzją z dnia 30 stycznia 2012 r. Centralna Komisja do Spraw Stopni i Tytułów przyznała uprawnienia Wydziałowi Filozoficznemu Akademii Ignatianum w Krakowie do nadawania stopnia naukowego doktora nauk humanistycznych w dyscyplinie kulturoznawstwo.
Obecnie Akademia Ignatianum w Krakowie jest wyższą Uczelnią kościelną z prawami państwowymi złożoną z dwóch Wydziałów: Filozoficznego i Pedagogicznego. W Wydziale Filozoficznym prowadzone są dwa kierunki: filozofia i kulturoznawstwo a w Wydziale Pedagogicznym: pedagogika, politologia, praca socjalna oraz administracja i polityka publiczna. W ofercie kształcenia na obu Wydziałach znajduje się także szereg studiów podyplomowych.
Dokumenty wymagane od kandydata na studia I stopnia z "nową maturą".
* wydrukowany (wydruk na miejscu w Biurze Rekrutacyjnym) i podpisany na każdej stronie kwestionariusza ankiety osobowej,
* kserokopia oryginału lub odpisu świadectwa dojrzałości (oryginał lub odpis do wglądu), a dla kandydatów ze "starą maturą" kserokopię świadectwa ukończenia szkoły średniej i świadectwa dojrzałości (oryginał lub odpis do wglądu),
* kserokopia potwierdzenia dokonania opłaty rekrutacyjnej (oryginał do wglądu),
* kserokopia dowodu osobistego powiększona dwa razy (oryginał do wglądu),
* dla finalistów i laureatów kserokopię dyplomu właściwego stopnia olimpiady (oryginał do wglądu),
* kandydaci, którzy są już studentami innego kierunku (także na Akademii Ignatianum) są zobowiązani do dostarczenia wraz z kompletem dokumentów kserokopii zgody Dziekana macierzystego Wydziału na podjęcie studiów na kolejnym kierunku studiów. Wymagana jest także kserokopia zaświadczenia o średniej ocen ze studiów uzyskanej w Uczelni macierzystej - 4,0 (na Wydział Filozoficzny) oraz 4,4 (na Wydział Pedagogiczny) (oryginały do wglądu),
* kserokopia dowodu opłaty czesnego w przypadku studiów niestacjonarnych oraz opłaty semestralnej administracyjnej w przypadku studiów stacjonarnych (oryginały do wglądu),
* dwie kolorowe fotografie zgodne z wymaganiami stosowanymi do dowodu osobistego (opisane na odwrocie imieniem i nazwiskiem oraz numerem pesel),
* w przypadku osób duchownych i zakonnych pozwolenie przełożonego na podjęcie studiów w Akademii Ignatianum,
* dla osób posiadających orzeczenie o niepełnosprawności, kserokopię zaświadczenia o rodzaju i stopniu niepełnosprawności (oryginał do wglądu),
* dla osób z maturą międzynarodową kserokopia dyplomu IB (oryginał do wglądu).
Dokumenty wymagane od kandydata na studia I stopnia ze "starą maturą", maturą międzynarodową, cudzoziemcy, laureaci i finaliści olimpiad.
* wydrukowany (wydruk na miejscu w Biurze Rekrutacyjnym) i podpisany na każdej stronie kwestionariusza ankiety osobowej,
* dla kandydatów ze "starą maturą" kserokopię świadectwa ukończenia szkoły średniej i świadectwa dojrzałości (oryginał lub odpis do wglądu),
* kserokopia potwierdzenia dokonania opłaty rekrutacyjnej (oryginał do wglądu),
* kserokopia dowodu osobistego powiększona dwa razy (oryginał do wglądu),
* dla finalistów i laureatów kserokopię dyplomu właściwego stopnia olimpiady (oryginał do wglądu),
* kandydaci, którzy są już studentami innego kierunku (także na Akademii Ignatianum) są zobowiązani do dostarczenia wraz z kompletem dokumentów kserokopii zgody Dziekana macierzystego Wydziału na podjęcie studiów na kolejnym kierunku studiów. Wymagana jest także kserokopia zaświadczenia o średniej ocen ze studiów uzyskanej w Uczelni macierzystej - 4,0 (na Wydział Filozoficzny) oraz 4,4 (na Wydział Pedagogiczny) (oryginały do wglądu).
* kserokopia dowodu opłaty czesnego w przypadku studiów niestacjonarnych oraz opłaty semestralnej administracyjnej w przypadku studiów stacjonarnych (oryginały do wglądu),
* dwie kolorowe fotografie zgodne z wymaganiami stosowanymi do dowodu osobistego (opisane na odwrocie imieniem i nazwiskiem oraz numerem pesel),
* w przypadku osób duchownych i zakonnych pozwolenie przełożonego na podjęcie studiów w Akademii Ignatianum,
* dla osób posiadających orzeczenie o niepełnosprawności, kserokopię zaświadczenia o rodzaju i stopniu niepełnosprawności (oryginał do wglądu),
* dla osób z maturą międzynarodową kserokopia dyplomu IB (oryginał do wglądu).
Dokumenty wymagane od kandydata na studia II stopnia.
* wydrukowany (wydruk na miejscu w Biurze Rekrutacyjnym) i podpisany na każdej stronie kwestionariusz ankiety osobowej,
* kserokopia oryginału lub odpisu świadectwa dojrzałości (oryginał lub odpis do wglądu), a dla kandydatów ze "starą maturą" kserokopię świadectwa ukończenia szkoły średniej i świadectwa dojrzałości (oryginał lub odpis do wglądu),
* kserokopia dyplomu ukończenia studiów I stopnia lub studiów jednolitych magisterskich lub studiów drugiego stopnia wraz z kserokopią suplementu (oryginał do wglądu),
* kserokopia zaświadczenia o średniej ocen z całości studiów obowiązująca w Uczelni, której dyplom brany jest pod uwagę w konkursie- rankingu (oryginał do wglądu),
* kserokopia potwierdzenia dokonania opłaty rekrutacyjnej (opłaty administracyjnej w przypadku absolwentów Akademii Ignatianum) (oryginał do wglądu),
* kserokopia dowodu osobistego powiększona dwa razy (oryginał do wglądu),
* dla finalistów i laureatów kserokopia dyplomu właściwego stopnia olimpiady (oryginał do wglądu),
* kandydaci, którzy są już studentami innego kierunku (także na Akademii Ignatianum) są zobowiązani do dostarczenia wraz z kompletem dokumentów kserokopii zgody Dziekana macierzystego Wydziału na podjęcie studiów na kolejnym kierunku studiów. Wymagana jest także kserokopia zaświadczenia o średniej ocen ze studiów uzyskanej w Uczelni macierzystej - 4,0 (na Wydział Filozoficzny) oraz 4,4 (na Wydział Pedagogiczny) (oryginały do wglądu).
* kserokopia dyplomu ukończenia studiów pierwszego stopnia lub studiów jednolitych magisterskich lub studiów drugiego stopnia wraz z kserokopią suplementu (oryginał do wglądu) - jeżeli wcześniej nie był składany,
* kserokopia zaświadczenia o średniej ocen z całości studiów obowiązująca w uczelni, której dyplom jest brany pod uwagę w konkursie-rankingu (oryginał do wglądu) jeżeli wcześniej nie było składane,
* kserokopia dowodu opłaty czesnego w przypadku studiów niestacjonarnych oraz opłaty semestralnej administracyjnej w przypadku studiów stacjonarnych (oryginały do wglądu),
* dwie kolorowe fotografie zgodne z wymaganiami stosowanymi do dowodu osobistego (opisane na odwrocie imieniem i nazwiskiem oraz numerem pesel),
* w przypadku osób duchownych i zakonnych pozwolenie przełożonego na podjęcie studiów w Akademii Ignatianum,
* dla osób posiadających orzeczenie o niepełnosprawności, kserokopię zaświadczenia o rodzaju i stopniu niepełnosprawności (oryginał do wglądu),
* dla osób z maturą międzynarodową kserokopia dyplomu IB (oryginał do wglądu).
- Administracja i polityka publiczna
- Filozofia
- Kulturoznawstwo
- Pedagogika
- Politologia
- Praca socjalna
- Psychologia